A PJM, em nível de Brasil Marista, nasceu oficialmente em 2005, com o lançamento das Diretrizes Nacionais da PJM. O Instituto Marista, por fidelidade ao seu carisma, tem deixado marcas profundas na história da educação das crianças e jovens no mundo.
As atividades pastorais realizadas com adolescentes e jovens na Rede Marista, no entanto, começaram muitos anos antes, em movimentos como Juventude Marista (Jumar), Embarcações da Amizade e Renovação Marista (EDA/Remar) e Pastoral Juvenil Vocacional Marista (PJVM).
A mudança foi gradativa e baseada na experiência desses movimentos, visto que os objetivos e alguns processos eram parecidos. A alteração tornou-se institucional na Rede Marista a partir de 2009, quando iniciaram-se as transformações mais diretas, nas quais, verdadeiramente, houve efeitos nos principais atores: os/as adolescentes e jovens.
Nesse período, o acompanhamento à evangelização das juventudes por meio da pastoral juvenil passou a compor a Assessoria de Pastoral (atual Coordenação de Pastoral). Então ocorreram os primeiros encontros de formação de Assessores/as (adultos que atuam junto aos grupos em cada Unidade) e o rascunho do Marco Operativo da PJM.
Essas transformações começaram a causar outras, como a reconfiguração dos encontros e a reafirmação da participação de Animadores/as (jovens responsáveis por dinamizar as atividades dos grupos). O restante da proposta da PJM foi acontecendo a partir do processo que se estava vivenciado entre Animadores/as, Assessores/as e Equipe Provincial. A transição ocorreu por meio de um diálogo constante, esclarecendo que a caminhada seria construída em conjunto e que a participação dos/as adolescentes e jovens estava garantida.
Após revisão e atualização, foi lançada em 2015 a segunda edição do Marco Operativo. Documento que, desde 2018, encontra-se em novo processo de revisão. O lançamento ocorrerá concomitante com as Diretrizes Nacionais da PJM – que também estão sendo atualizadas por um grupo de trabalho formado por representantes das três Unidades Administrativas do Brasil Marista.